بخش تحصیلی این طرح با هماهنگی آموزش و پرورش و طبق قوانین و مقررات آن اجرا می گردد.

توضیح این که؛ طبق بند 6 «آیین نامه ی ساماندهی وظایف و اختیارات کمیسیون خاص» مصوّب کمیسیون معین شورای عالی آموزش و پرورش در تاریخ 1394/11/07 که به تایید شورای عالی آموزش و پرورش رسیده است؛ برای دانش آموزان روزانه ای که در دوره ی تخصصی حفظ قرآن کریم در مراکز ذی صلاحِ مورد تایید آموزش و پرورش پذیرفته شوند، مجوز ثبت نام و ادامه ی تحصیل، بدون حضور در کلاس صادر می شود.

طبق این بند، و با هماهنگی های به عمل آمده با آموزش و پرورش، پذیرفته شدگان در این طرح، در مدارس مورد نظر خود نام نویسی می کنند، ولی در کلاس ها حاضر نمی شوند، و برنامه ی تحصیلی خود را همراه با برنامه ی قرآنی در مؤسسه ی نسیم رحمت رضوی می گذرانند، و تنها در امتحانات نیمسال اوّل و دوم مدارس خود شرکت می کنند، و به این ترتیب سال تحصیلی را بدون عقب افتادگی یا مشکلی پشت سر می گذارند.

در طرح مدرسه القرآن، برنامه ی تحصیلی اولویت نخست است، در این طرح بنا بر این است که دانش آموزان همه ی دروس تحصیلی را تمام و کمال به صورت حضوری و زیر نظر معلمان فراگیرند.

برای تحقّق این هدف، روزانه 2 کلاس  به مدت 1:15 ساعت برای دروس تحصیلی هر پایه در نظر گرفته شده است. از آن جا که کلاس های این طرح از شنبه تا پنجشنبه می باشد، از این رو در طول هفته 12 کلاس 1:15 ساعتی برای دروس تحصیلی هر پایه پیش بینی شده، و این میزان طبق شیوه های آموزشی و تجربه ی قبلی این طرح به خوبی پاسخگوی این مهم است. توضیح این که؛ همه ی دروس توسط معلّمان کار آزموده تدریس می شود، و تلاش بر این است که وقت کلاس به صورت بهینه استفاده شود، و از کارهای زائد و کم فایده پرهیز گردد. همچنین جمعیت کلاس های تحصیلی کم تعداد پیش بینی شده، و این کار معلم را آسانتر می کند.

از سویی، فراگیری بخشی از دروس مانند قرآن، هدیه های آسمانی، عربی و تفکر و سبک زندگی، به جهت مباحث قرآنی که روزانه و در سطحی بالاتر توسط قرآن آموزان کار می شود، برای ایشان آسان و سریع تر انجام می گیرد. همچنین در موارد نیاز مانند ایام امتحانات، برنامه ی قرآنی متوقف یا محدود می گردد، و برنامه ی تحصیلی با زمان بیشتری اجرا می شود. همه ی این موارد در کنار استعداد بالا و قدرت یادگیری خوب حافظان قرآن، و نیز تجربه ی چندین ساله ی ما در این طرح، کمک می کند تا تمام قرآن آموزانی که در این طرح شرکت می کنند، به خوبی در امتحانات پایانی مدارس قبول شوند، و علاوه بر حفظ کل یا بعض قرآن در 2 سال، بدون عقب افتادگی تحصیلی، کار خود را به اتمام رساندند.